Man könnte meinen, dass Secure Flight genau dasselbe ist wie APIS, ist es aber nicht. Es werden von der TSA (Transportation Security Administration), der Flugsicherheitsbehörde der USA, zusätzlich der vollständige Name, das Geburtsdatum und das Geschlecht abgefragt.
Das gilt alleine der Sicherheit und zur Terrorismusprävention. Falls diese Daten nicht bei der Einreise vorliegen, kann Euch die Einreise in die USA verweigert werden.
Meist muss man diese Daten beim Buchen eines Fluges schon mit angeben, daher merkst du als Reisender nichts von dem Secure Flight Programm.

Vergewissert euch aber trotzdem, bei Eurem Reisebüro oder auf der Seite der Fluggesellschaft, ob all diese Informationen vor der Einreise vorliegen.
Meist werdet ihr beim Einchecken auch noch mal nach den Infos gefragt. Sollte also doch etwas vergessen worden sein, kann das Bodenpersonal der Fluggesellschaft diese Daten nachtragen. ESTA kurz vorm Flug zu machen ist natürlich nicht ratsam, das sollte spät. 72 Stunden vor dem Abflug erledigt sein.

Solltet ihr länger als 90 Tage in den USA bleiben wollen oder wollt ihr zum Zwecke der Arbeit, Praktikums, Aupair, Studium etc. einreisen wollen, so wendet euch bitte mit allen Fragen an die US-Botschaft.
http://german.germany.usembassy.gov/visa/